作为一项非常复杂而`且系统的工作，钻井施工受到了很多方面因素的影响，因此在具体的施工过程中存在着较多的问题。要想使钻井施工的正常进行得到充分的保证，石油企业就须要采取有效的对策将这些问题处理好。
钻井施工中的关键问题： 
（1）周边地下水对钻井施工的影响。在具体的钻井施工中经常会发生周边存在地下水系的问题。如果在钻进的过程中选择正循环钻井施工工艺，钻杆会将大部分的冲洗液（钻井泥浆）直接的输送到孔底部，这样就会导致大量的岩粉和碎屑产生，而且还会与水流同时流入到井中，使得水体变得越来越浑浊，从而导致地下水污染。
（2）井漏的问题（按漏失通道形状分渗透性漏失、裂缝性漏失、溶洞性漏失）；引起井漏的原因：压差性漏失、诱导性漏失和压裂性漏失。在抓紧施工中非常严重的一个问题就是井漏问题，轻微的井漏问题就会使正常的钻井施工受到影响，如果井漏情况非常严重，除了会使施工的进度受到影响，浪费大量的物力和人力和财力之外，要是没有得到及时有效的处理，甚至还会导致塌井以及卡钻等非常严重的事故。
（3）钻具的问题。在具体的钻井施工过程中钻具问题也属于一种比较常见的问题。因为钻井的施工地层可能具有比较久远的年代，因此其岩层可能具有非常坚硬的岩性，同时也具有较强的抗研磨性，在这种情况下钻具就会具有相对较差的可钻性，这时候如果实施钻井施工，就有可能导致下部钻具发生共振现象，如果产生达到了一定频率的共振时，就会使下部钻具的疲劳程度的加重，终导致钻具过早地出现损坏。