如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，大型游轮清理公司，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。形成含有沉淀物和沥青质污泥的半固态物质层，大型游轮清理，还会沉淀在燃油管路及沉淀柜和日用柜中。
清洗过程中也可以检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验游轮清洗，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。在2020年1月1日之前，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。
残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。每艘船完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。
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